Vpád vojsk Varšavskej zmluvy ho prinútil emigrovať, avšak neskôr sa vrátil. Následne pracoval v tlačiarni, a tiež ako knihovník na Vysokej škole múzických umení. Po Nežnej revolúcii sa vrátil do periodika Ľud, od roku 1990 bol jeho šéfredaktorom. Publikoval v rôznych slovenských médiách a bol i dopisovateľom zahraničných periodík ako Der Standard či Luxemburger Wort.
Alner pôsobil i vo viacerých organizáciách. Istý čas bol generálnym tajomníkom Paneurópskej únie na Slovensku. Predsedal i slovenskej sekcii Asociácie európskych novinárov, na ktorej založení sa podieľal. V Asociácii európskych novinárov bol dva roky i medzinárodným generálnym tajomníkom, a pôsobil aj ako jej čestný medzinárodný tajomník. Na prelome milénií pracoval napríklad aj v Nadácii Pontis. Získal i viacero ocenení vrátane Radu čestnej légie Francúzska.
Zdroj: SITA.sk - Zomrel novinár Juraj Alner, bol aj pedagógom a držiteľom Radu čestnej légie Francúzska © SITA Všetky práva vyhradené.