Trestné oznámenie na Jozefa Markuša podalo vedenie Matice slovenskej na čele s Mariánom Tkáčom v roku 2011. Jozefovi Markušovi kládli za vinu uznanie dlhu dcérskej spoločnosti Matice slovenskej – Matičného fondu. Zmluvu o prevzatí dlhu viac ako 202-tisíc eur Jozef Markuš podpísal v roku 2007. Dlh bol splatený v dvoch splátkach zo ziskov tlačiarenskej spoločnosti Neografia, v ktorej mala Matica 80-percentný podiel. Sudca prvostupňového súdu v decembri 2016 pri vynesení rozsudku zdôraznil, že zmluva bola pre Maticu nevýhodná a nepochybne jej bola spôsobená škoda. Nešlo o nevydarenú finančnú operáciu, ale zmluva sa dá chápať ako dar tretej osobe, uviedol sudca. Výšku trestu odôvodnil aj tým, že si nemyslí, že išlo o úmyselné konanie.